Un portavoz policial indicó que los cadáveres de los agentes, identificados como Hani Ali Sobhi, Amir Abu Bakr Amir y Mohamed Abdel Fatah Ali, fueron trasladados al hospital de la localidad de Rafah.
"El suceso ocurrió sobre madrugada, explicó la fuente sin facilitar más detalles.
El viceministro de Defensa de Israel, Zaev Boim, calificó el hecho como "un incidente lamentable con resultados terribles", mientras que el Ejército israelí anunció que abrió una investigación para aclarar las circunstancias.
Según las primeras versiones, un tanque apostado en el corredor controlado por los israelíes en la frontera entre Egipto y Gaza disparó al "confundir" a los agentes egipcios con contrabandistas de armas.
Israel denunció meses atrás la existencia de unos supuestos túneles que conectaban la localidad egipcia de Rafah con el campo de refugiados palestino del mismo nombre en el otro lado de la frontera, y que según su versión servían para el contrabando de armas.