Pretenden secuenciar el genoma completo de 100 casos de Covid-19 en Uruguay a fin de mes

Un grupo de trabajo interinstitucional del Instituto Pasteur del Uruguay y la Facultad de Ciencias presentó la semana pasada un estudio de los aspectos de la dinámica evolutiva y genómica del coronavirus SARS-CoV2.

Se divulgaron los resultados del análisis de los primeros 10 genomas de coronavirus secuenciados en nuestro país y entre los resultados se determinó que en Uruguay hubo al menos tres introducciones del virus desde tres continentes distintos.

En diálogo con Montevideo Portal Gregorio Iraola, responsable del Laboratorio de Genómica Microbiana del Instituto Pasteur Montevideo y coautor líder del estudio, dio detalles de este trabajo en equipo y explicó qué otras áreas de investigación están desarrollando.

"Lo que nosotros hicimos es estudiar 10 casos de pacientes positivos de Covid-19 que fueron diagnosticados entre el 16 y el 19 de marzo, es decir durante la primer semana que el primer caso fue identificado en Uruguay", explicó Iraola.

"Eso nos permite tener una idea de lo que estaba sucediendo en ese momento, como una foto de lo que pasaba con el coronavirus en el Uruguay en esa primer semana", agregó .

El doctor en biología destacó el trabajo científico y la necesidad de que Uruguay tenga "un sistema científico funcional saludable y muy bien soportado y articulado".

Montevideo Portal: ¿Cómo fue el trabajo en conjunto que llevaron a cabo y cuáles son las principales conclusiones?

Gregorio Iraola: Lo que anunciamos la semana pasada fue la creación de un grupo interinstitucional para trabajar en este tema de estudio de la dinámica evolutiva del coronavirus a través de las herramientas genómicas.

También se presentaron los resultados que hemos generado previamente desde el Instituto Pasteur en ese sentido. Los resultados nos mostraron cómo ha sido el trabajo de la epidemia en Uruguay desde su comienzo, es decir, sus primeras etapas.

Lo que nosotros hicimos es estudiar 10 casos de pacientes positivos de Covid-19 que fueron diagnosticados entre el 16 y el 19 de marzo, es decir durante la primer semana que el primer caso fue identificado en Uruguay.

Eso nos permite tener una idea de lo que estaba sucediendo en ese momento, como una foto de lo que pasaba con el coronavirus en el Uruguay en esa primer semana.

Una de las principales conclusiones a las que llegamos es que hay tres orígenes del virus en virus similares que están circulando en tres continentes distintos, por tanto podemos decir que el virus tuvo múltiples introducciones al Uruguay ya en los primeros momentos de la epidemia.

MP: ¿De qué países eran esas introducciones?

GI: Los tres orígenes más probables de esos virus que llegaron a Uruguay son en el continente europeo (más precisamente España), en Norteamérica y en Australia.

MP: ¿Qué características presentan las cepas que estudiaron?

GI: En primer lugar, esa similitud genética que nosotros revelamos a través de la secuenciación genómica es la que nos permite determinar de dónde vienen.

Podemos decir que las cepas que circulan en Uruguay son genéticamente similares a las que están circulando en esos países que mencionamos anteriormente.

Comparando con datos de países de la región pudimos observar que en ese momento estas cepas que ingresaron a Uruguay no están relacionadas epidemiológicamente con las que se han visto hasta el momento en Argentina y Brasil, por ejemplo.

Sí algunas de ellas están relacionadas a algunas cepas que circulan en Chile.

MP: ¿Continúan con este estudio en otra cantidad de genomas?

GI: En estos momentos éste estudio continua y estamos en el proceso de secuenciación de 24 casos más que incluyen casos sucedidos en el tiempo en Uruguay luego de los que ya analizamos.

Nuestro objetivo en principio es llegar alrededor de los 100 genomas secuenciados en este próximo mes para de esa forma tener una representatividad mayor de lo que es el virus en el país y poder contestar otras preguntas, como por ejemplo la relación de los distintos tipos de virus que están moviéndose dentro de Uruguay entre distintos departamentos. Si son los mismos virus, tienen cambios genéticos o están epidemiológicamente relacionados y cómo están epidemiológicamente relacionados entre sí.

MP: ¿Ese estudio puede determinar la magnitud del virus en algunos casos y su propagación?

GI: La idea es que esta información aporte a identificar los diferentes grupos, contando con información epidemiológica podríamos determinar esos virus desde el punto de vista genético cómo esos virus se han diseminado de acuerdo a los vectores a través de los cuales esos virus se originaron o introdujeron al país.

En definitiva la información la estamos volcando a asesorar a las autoridades con información de gran resolución para poder optimizar las medidas de control de la epidemia.

MP: ¿Cómo hacen para llevar a cabo este trabajo de investigación en un contexto de incertidumbre?

GI: Desde el Pasteur hemos redireccionado los objetivos del instituto. Cabe recordar que el Instituto Pasteur es un instituto de investigación biomédica que trabaja en distintas áreas haciendo investigaciones en distintas enfermedades, sean infecciosas o no infecciosas.

Todos esos esfuerzos se han enfocado solamente en estudiar distintos aspectos del coronavirus y en ese sentido hay varias líneas de investigación activas.

Una de ellas es la que estamos liderando nosotros desde el punto de vista genómico, pero está el tema los test diagnósticos y hay grupos trabajando en aspectos de la inmunidad que genera el virus ante una infección y en aspectos terapéuticos también.

La incertidumbre es real, no sabemos hasta cuando vamos a estar haciendo esto ni hasta cuando vamos a estar 100% abocados a este tema, pero es algo que no es nuestro, sino que está pasando a todo el mundo. Lo que podemos hacer en este momento es trabajar duro y ponernos a disposición para lo que sea necesario y desde nuestro rol como científicos poder dar las soluciones de la forma más certera y rápida posible.

MP: ¿Qué objetivos tienen a corto o mediano plazo en las otras áreas de investigación?

GI: Pasteur se embarcó también en un consorcio con la UdelaR y con empresas privadas para desarrollar un kit que va a estar disponible en el mes de mayo, con muchísimas reacciones y determinaciones para ser aplicadas en Uruguay. Más allá de que el instituto está generando diagnósticos diariamente, aportando a ese esfuerzo de diagnostico del país.

La otra línea tiene que ver con la generación de ensayos serológicos que se han comentado frecuentemente en los últimos días. Esos ensayos van a permitir evaluar a las personas cuando no están infectadas y determinar si estuvieron infectadas y si generaron inmunidad contra el virus. Es una información sumamente importante para manejar la reinserción de esas personas en sus actividades cotidianas.

Si ese test da positivo quiere decir que la persona estuvo expuesta al virus y tiene defensas contra el mismo. Por tanto, puede retomar sus actividades normales y no ser capaz de infectarse o infectar a otros.

Hay otras líneas que tienen que ver con aproximaciones terapéuticas para tratar la enfermedad.

MP: Esta crisis dio mayor visibilidad a un trabajo que hacen constantemente ¿Cómo analizan esto desde el instituto?

GI: Dentro de lo malo que tiene esta situación a nivel internacional y local, los aspectos positivos que se rescatan, al menos del sector al cuál pertenecemos, es que se ha visibilizado mucho la tarea del científico y la relevancia de la ciencia ha permeado en la sociedad.

Esto ha ayudado a que la gente comprenda de forma rápida y más precisa el real significado del trabajo científico y por qué es necesario tener un sistema científico funcional saludable y muy bien soportado y articulado. Para que cuando surgen este tipo de cosas el sistema pueda responder rápidamente.

Es una tarea de un constante compromiso y que debemos fortalecer como país y los gobernantes tienen que apuntar a fortalecer este sistema científico que está funcionando y ha llegado a una masa crítica de personas que permite que en Uruguay se hable de ciencia y se generen conocimientos muy importantes.

Uruguay se está perdiendo a su vez una importante oportunidad de generar un salto de calidad en lo que es la generación de conocimiento científico y la aplicación de ese conocimiento a la productividad del país y el valor agregado que se le puede adicionar a los productos de los cuales la economía uruguaya vive.

Montevideo Portal