Sobre los ciclos que Uruguay usa en los test PCR y las especulaciones de falsos positivos

El test PCR, siglas en inglés de Reacción en Cadena de la Polimerasa, ha sido la técnica más utilizada en el mundo (incluyendo nuestro país) para detectar nuevos casos de coronavirus, gracias a su sensibilidad y precisión. Básicamente, lo que hace es, partiendo de una muestra de un paciente, detectar y amplificar un fragmento del material genético de un patógeno; en este caso en particular, una pieza del genoma del virus SARS-COV-2, que es el que provoca la COVID-19.

Gracias a su sensibilidad, el test puede detectar desde cargas virales muy altas a trazas del virus que no tienen infectividad. ¿A partir de cuándo se determina que una persona a la que se le encontró el virus es capaz de infectar a otras y por lo tanto debe ser aislada para minimizar riesgos? La respuesta a esa pregunta originó algunas controversias en esta pandemia -debatidas en general en espacios por fuera de los medios masivos- debido a las consecuencias económicas que implica mantener en aislamiento a buena parte de la población. Uruguay no estuvo ajeno a esta discusión.

Días atrás, la publicación Extramuros divulgó las respuestas a un pedido de informes que realizó al Ministerio de Salud Pública, en el que le consultaba cuál es el máximo número de ciclos en el que se considera que el resultado de un test es confiablemente positivo. De acuerdo a la respuesta obtenida, en los test PCR de Uruguay se corren 40 ciclos (explicaremos bien qué significa esto más adelante), con un punto de corte en los 35 (lo que se llama Ct, por Cycle Threshold o umbral de ciclos). Es decir, si se encuentra el virus tras correr hasta 35 ciclos de la muestra (o sea amplificar 35 veces), se considera que el paciente es positivo. La publicación critica que de este modo se está dando como positivas a personas que tienen una carga viral muy baja y con muy pocas posibilidades de infectar a otros, y que esto se hace en base a recomendaciones de la OMS que, además de estar desactualizadas, generan una respuesta inadecuada a la aparición del virus.

Separando la corona del trigo

Para aclarar la controversia de los ciclos en los test PCR, Montevideo Portal dialogó con el virólogo Álvaro Fajardo, del Laboratorio de Virología Molecular de la Facultad de Ciencias y parte del equipo que desarrolló los test PCR en Uruguay (y que obtuvo, en la figura de Gonzalo Moratorio, un importante reconocimiento de la revista Nature en el 2020 por esta labor)

¿Qué es lo que significan los ciclos ya mencionados de los test PCR? Para comenzar, aclara Fajardo, este tipo de test es el que se usa mayoritariamente en todo el mundo para detectar no solo este sino también otros virus. "Está diseñado específicamente para reconocer una secuencia genética de un microorganismo, en este caso el SARS- COV-2", explicó el científico. La base de esta técnica es buscar una secuencia específica del virus y amplificarla (duplicarla) en cada ciclo, hasta obtener una cantidad suficiente para que el equipo en el que el análisis se lleva a cabo (un termociclador en tiempo real) detecte esa "señal" que revela la presencia del virus. Por ejemplo, si en el primer ciclo hay una copia de ese fragmento genético, en el segundo se producirán dos, en el tercero cuatro, en el cuarto ocho, en el quinto 16, en el sexto 32 y así sucesivamente.

"Se genera un aumento exponencial de la secuencia específica. El tema en discusión es cuántos ciclos analizar", señala el virólogo. Explicó que cada técnica puede tener leves diferencias, pero la que desarrolló conjuntamente la Udelar, Pasteur y ATGen tiene su límite de detección en el ciclo 35. Por ende, no sería informativo analizar por encima de ese ciclo.

Fajardo aclaró que si en la muestra hay varias copias del virus, obviamente se precisan muchos menos ciclos para detectarla. Dicho de modo simple: mientras menos ciclos se necesiten para detectar la secuencia del virus, mayor es la carga viral que tiene y por lo tanto mayor la posibilidad de infectar de la persona en cuestión.

"Un paciente del que se obtiene una señal en el ciclo 15 o 20 tiene mucha carga viral y seguramente está en condiciones de contagiar. En este caso, se precisan mucha menos rondas de amplificación para que la señal se evidencie", explicó.

Entonces, ¿alguien a quien se le detectó el virus en el ciclo 35 no es positivo? El virólogo explicó que es cierto que cargas tan bajas no son necesariamente infectivas, pero ello no implica que sus portadores no sean positivos. "La técnica es súper sensible, tanto que en algunos casos detecta que tenés trazas remanentes del genoma viral pero el paciente ya no es infectivo. Eso no implica que sea un falso positivo, como se dice", señaló.

Recapitulando, si a alguien le detectan el virus entre el ciclo 30 y 35, especialmente cerca de 35, es muy baja la posibilidad de que sea infectivo. "El problema es que para demostrar si infecta o no se requieren ensayos que hoy no se pueden hacer en Uruguay. Eso implica tomar una muestra, inocularla en un cultivo celular y esperar que el virus infecte las células y genere más virus. Para eso se requieren instalaciones de bioseguridad de nivel 3 que por ahora no hay en funcionamiento en Uruguay (aunque recientemente se inauguró el primero de este tipo en Salto)", apuntó Fajardo.

¿Dónde corto, maestro?

Tenemos, entonces, una técnica estándar de preferencia que cuenta con la ventaja de ser la más sensible de todas y la desventaja de que no permite evaluar la infectividad del paciente. Sin embargo, el virólogo defiende que el corte se haga en el ciclo 35. "Si un paciente es positivo en el ciclo 35, es mejor que quede aislado, porque aunque tenga mínimo riesgo de transmitir el virus, sería poco prudente que siga en contacto con el resto de la población. El riesgo es muy bajo pero no inexistente", apuntó, para insistir luego en que "de ninguna manera eso puede ser considerado un falso positivo".

¿Es el corte recomendable el que sigue haciendo Uruguay? Para Fajardo es el correcto. "A los 35 ciclos puede haber, perfectamente, virus activos. Si bien cuanto más tardío sea el ciclo menos probabilidad hay de infectar, hay evidencias de pacientes con cargas mínimas que han podido ser infectivos", afirmó. Un documento oficial de Salud Pública del Reino Unido asegura que se ha aislado en el laboratorio virus vivo y potencialmente infectivo en muestras obtenidas en ciclo 36, aunque reconoce que no es claro si eso indica un riesgo de transmisión de persona a persona.

Fajardo dijo que es cierto que hay estudios serios según los cuales cerca de un 97% de los positivos con un Ct de 35 (dentro de los que fueron analizados) no presentan virus activos (es decir, que son muestras imposibles de cultivar). En el mismo trabajo se establece, por ejemplo, que de los pacientes positivos con Ct de 30, el 20% presentaban virus infectivos. 

El virólogo señaló que "puede haber técnicas mal diseñadas", pero que está seguro de que la que desarrolló su equipo, con la que se hace poco menos de la mitad de los test en Uruguay, "detecta el virus y nada más".

Su comentario viene a colación de otro punto señalado por la respuesta del MSP a Extramuros, en la que se asegura que Salud Pública sugirió a los prestadores usar el diagnóstico para detección emitido por el hospital de Charité, Berlín. La publicación remarca que el protocolo de Charité ha sido severamente criticado por otros científicos, que hallaron varios errores en su diseño y que por lo tanto constituye una herramienta ineficaz para detectar casos positivos. Entre ellos, lo ya señalado, que el test no discrimina entre el virus completo y fragmentos virales que no son infectivos. 

Dos de los principales autores del trabajo, Pieter Borger y Rajesh Malhotra, han criticado activamente el diagnóstico de detección alemán y a su autor, el virólogo Christian Drosten, a tal punto que Malhotra suele hablar en redes de "la religión del PCR" y del "gran fraude farmacéutico" del que participan Bill Gates y la OMS.

Fajardo señaló que se trata de un trabajo no arbitrado aún (no fue revisado por pares, es lo que se llama pre-print) y que además contiene múltiples errores de concepto (aunque reconoció la validez de algún punto, como el de dar importancia al valor de Ct). "Discuten permanentemente que da lugar a falsos positivos y van a lo dicho, al ejemplo de que en el ciclo 35 solo el 3% presenta virus infectivos, pero la técnica no sirve para discriminar quién es infectivo y quién no. La PCR detecta secuencias genéticas que únicamente se encuentran en el organismo en cuestión, como una ‘firma molecular'. Que en algunos casos tenga baja probabilidad de tener el virus infectivo no significa que esté arrojando falsos positivos", apuntó.

Aclaró además que el protocolo de Charité fue solo uno de los siete sugeridos por la OMS y que las técnicas que desarrollaron en su laboratorio (aquí en Uruguay) están basadas en el protocolo de Hong Kong y en el del Centro de Control de Enfermedades de Estados Unidos, no en el que fue criticado.

La publicación de Extramuros también asegura que la propia OMS reconoció el problema de los ciclos y que el 7 de diciembre emitió un aviso a los prestadores de test PCR en este sentido. Sin embargo, apunta Fajardo, en su comunicación lo que la OMS advierte es que la ocurrencia de falsos positivos puede ser resultado de no seguir adecuadamente las instrucciones del fabricante de cada test. En ocasiones, a ciclos muy tardíos pueden observarse "ruidos" por la degradación de las sondas utilizadas, por ejemplo, y un análisis incorrecto podría dar lugar a un falso positivo.

Reiteró que en los laboratorios de diagnóstico molecular se utilizan varios controles para evaluar el proceso y se toman todas las precauciones para evitar los falsos positivos, que pueden darse en caso de contaminación, por errores en la trazabilidad de la muestra, o por una evaluación incorrecta del resultado, y que "se supone que quien analiza corridas del test sabe cómo hacerlo y se rige estrictamente por las instrucciones del fabricante". "Las nuestras son muy claras", apuntó.

La OMS también dice en su nuevo comunicado que efectivamente es importante saber el valor de CT de cada caso y sugiere indicarlo a los médicos para que se analice, en conjunto con sus síntomas clínicos y el estado de sus contactos, si es necesario el aislamiento. Fajardo consideró que esta nueva notificación es positiva y que es válido que se haya llamado la atención sobre el problema.

¿Qué indica el CT?

Incluso teniendo en cuenta que a aquellos a los que se detecta el virus con un alto nivel de CT tienen poco riesgo de infectar, la interrogante es cuántos de los uruguayos analizados están en ese rango. Si no es un porcentaje alto, tienen poca incidencia en la cantidad de casos detectados y por ende en su influencia sobre las decisiones gubernamentales.

Montevideo Portal realizó un pedido de informes al MSP -aún no respondido- para saber si esa estadística que la propia OMS considera importante se está siguiendo y cuáles son sus resultados.

Fajardo aportó de todos modos que en este momento de la pandemia se está detectando el virus en niveles de CT bajo (carga viral alta) debido a la circulación que tiene en este momento el SARS-COV-2 en el país. Y, de paso, respaldó la base científica en la que trabajó Uruguay para poder desarrollar sus propios test y ganar así un tiempo valioso en un 2020 en el que el país esquivó la curva temida casi hasta el final.