En el congreso de la CSF en la ciudad de Caracas en junio de 1959 se manejó la creación de la "Copa de Campeones" a idea de la Federación chilena, confirmándose en una nueva reunión del 2 de agosto de aquel año, el nacimiento del histórico certamen.

Días después, en un nuevo congreso que fue presidido por el uruguayo Fermín Sorhueta se le denominó "Copa Libertadores de América" como homenaje a los héroes de cada país sudamericano.

La primera edición de la "Copa Libertadores de América" quedó conformada por un cuadro de cuartos de final de seis equipos, ya que eran siete los países que la disputarían, San Lorenzo (Argentina), Jorge Wilstermann (Bolivia), Bahía (Brasil), Millonarios (Colombia), Olimpia (Paraguay) y Peñarol (Uruguay), quedando clasificado directamente a semifinales el equipo paraguayo.

El primer encuentro de la histórica Copa lo disputaron en el Estadio Centenario de Montevideo, Peñarol y Jorge Wilstermann, fue victoria local por 7 a 1, siendo el jugador aurinegro Carlos Borges el que anotó el histórico primer gol a los 13 minutos de juego, luego se sumaron los cuatros de Alberto Spencer (35m, 57m, 66m y 89m), uno más de Borges (17m) y el de Luis Cubilla (20m).

La revancha de esta llave se disputó en el Estadio Hernando Siles de la ciudad de La Paz, finalizó con empate a 1, Luis Cubilla abrió el marcador a los 43 minutos para la visita, empatando López a los 55 minutos para el local.

De esta manera Peñarol era uno de los cuatro semifinalistas.

La llave entre los equipos de Universidad de Chile y el Millonarios de Colombia, también tuvo una definición holgada, y fue para el campeón colombiano, el 8 de mayo, en el Estadio Nacional de Santiago, triunfó por 6 a 0, goles de Pizarro (4 y 82m), Klinger (13 y 67m), Micheli (54m) y Larraz (71m).

La revancha fue el 15 de mayo en el Estadio Nemesio Camacho, El Campín de Bogota, Millonarios ganó por 1 a 0, gol de Pizarro a los 48 minutos.

El Azul de Bogotá se convertía entre los cuatros mejores del continente.

El cruce de cuartos más parejo fue el que disputaron San Lorenzo de Almagro y el Bahía de Brasil, el partido de ida lo jugaron en el Estadio Jorge Newbery de Buenos Aires, el 20 de abril, los azulgranas se quedaron con el triunfo por 3 a 0, goles de Rossi (60m), Ruíz (81m) y Sanfilippo (89m).

La revancha se jugó el 3 de mayo en el Estadio Fonte Nova de Salvador Bahía, la victoria fue local por 3 a 2, los goles del Bahía fueron anotados por Carlito (12m), Flávio (40m) y Marito (89m), mientras que los goles visitantes los marcó José Sanfilippo (6 y 57m).

Por diferencia de goles (global de 5 a 3), los argentinos se sumaban a las semifinales.

Los cuatros mejores eran Peñarol, Millonarios, San Lorenzo y Olimpia que había ingresado de forma directa a esta instancia, los cruces semifinalistas se conformaron con Peñarol - San Lorenzo y Olimpia - Millonarios.

El 18 de mayo en el Estadio Centenario comenzó la penúltima fase, Peñarol y San Lorenzo empataron a 1, abrió el marcador Linazza a los 2 minutos para el local, empatando Boggio a los 18 para los visitantes.

Seis días más tarde se jugó la revancha en el Estadio Jorge Newberry, y tampoco se superaron, el empate fue 0 a 0, de esta manera, se debía disputar un partido en campo neutral que sería el definitorio, pero los de Boedo le cedieron a Peñarol la organización de dicho encuentro, se disputó el 29 de Mayo en Montevideo y la victoria fue aurinegra por 2 a 1, los goles de Peñarol los anotó Alberto Spencer (51 y 89m), había empatado transitoriamente José Sanfilippo (86m) para los visitantes.

Peñarol se convertía en el primer finalista continental.

El 29 de mayo en el Estadio Nemesio Camacho El Campin de la ciudad de Bogotá, Millonarios y Olimpia no pudieron superarse, el empate fue 0 a 0, fue así que el 5 de junio en el Estadio Puerto Sajonia de Asunción, el equipo local se transformó en el otro finalista ya que goleó al conjunto bogotano por 5 a 1, los goles locales fueron marcados por Doldán (15 y 38m), Melgarejo (43m), autogol de Noriega (53m) y Recalde (63m), descontó para la visita, Pizarro (73m).

La fecha de la primera final sudamericana fue el 12 de junio, se jugó en el Estadio Centenario de Montevideo, terminó con victoria de Peñarol por 1 a 0, el gol fue convertido por Alberto Spencer a once minutos del final.

Esto señalaba, que, si los aurinegros ganaban o empataban en la revancha, sería los campeones, y así fue, ya que el 19 de junio, en Asunción, en el Estadio de Puerto Sajonia, los carboneros lograron superar el gol recibido por Hipólito Recalde a los 28 minutos, pues a siete minutos del final Luis Cubilla igual el encuentro.

De esta manera, el campeón uruguayo, dirigido por Roberto Scarone, se convertía en el primer campeón de la "Copa Libertadores de América"