Los beneficios fiscales y cambios en la forma de facturación pueden significar un ahorro para muchas empresas y estos se establecieron desde que pasó a ser obligatoria la adhesión a Facturación Electrónica para todas las empresas que superan los $1.300.000 de facturación, aproximadamente, al año (algo más de $100.000 mensuales), y tras la aprobación de la Ley de Urgente Consideración.

Para las pequeñas empresas (contribuyentes de IVA mínimo o Literal E) se estableció lo siguiente:

• Las pymes que inicien actividades este año pueden beneficiarse con descuentos en los pagos a DGI y BPS durante períodos de 12 meses corridos a partir de la apertura, y no por año calendario, como era norma. Esto quiere decir que abonarán de forma escalonada: 25% de la cuota en el primer año, 50% en el segundo y, finalmente, 100% en el tercero.
• Las pymes que usen la facturación electrónica pueden elegir entre dos modalidades de pago de IVA y podrán elegir entre el pago de IVA Mínimo que les corresponda o el 3,3% de la facturación del mes. El IVA Mínimo obligaba a estas empresas a pagar -precisamente como mínimo- un monto fijo mensual cifrado actualmente en 4.380 pesos. Hoy, las pymes que comprendidas en el literal E que se adhieran a la Facturación Electrónica, podrán pasar a abonar el 3.3% de la facturación del mes, en vez del IVA mínimo. A modo de ejemplo, una Pyme que facture 70.000 pesos en un mes abonará 2.310 pesos (3.3% de IVA) en lugar de los 4.380 previstos en la modalidad de monto fijo. Además, el sistema prevé que el tope del pago porcentual se fije en el pago mínimo vigente hasta ahora (4.380 pesos). Si en una circunstancia excepcional (una zafra, por ejemplo) esa empresa que facturaba 70.000 pasa a facturar 400.000, no pagará los 13.200 pesos que le corresponderían como porcentaje, sino el mínimo ya mencionado.
• Las pymes pueden solventar los costos de implementación de Facturación Electrónica con el beneficio fiscal ya implementado de 80 Unidades Indexadas (unos 382 pesos) destinados a ayudarlas.
• Quienes compren a pequeñas empresas pueden deducir el gasto en sus liquidaciones del Impuesto a las Rentas de las Actividades Económicas (IRAE). Esto elimina una de las principales barreras de acceso de las empresas más pequeñas a clientes de mayor envergadura, lo que genera una mayor competitividad.

Asimismo, y sobre la Facturación Electrónica, en cierto modo se paga sola ya que permite suprimir el "costo papel" de imprimir decenas de resmas o libretas de facturas y acumularlas, y también el gasto postal de enviarlas por correo en caso de ser necesario.

También, facilita los procesos aún más porque ofrece la posibilidad de emitir facturas desde dispositivos móviles; por lo que todos los colaboradores pueden llevar encima en todo momento una "libreta de facturas virtuales", ofreciendo indudables beneficios económicos y operativos.

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